Образовано в 1938 г. на базе Обь-Тазовской научной рыбохозяйственной станции Всесоюзного научно-исследовательского института морского рыбного хозяйства и океанографии. Осуществляло разработку научных проблем, направленных на развитие рыбного хозяйства пресноводных водоемов Тюменской и Омской областей. В 1950 г. переведено в г. Ханты-Мансийск.